Le tremiti furono usate sin in epoca Romana come posto di esilio, imperatori come Augusto e Carlo Magno vi esiliarono i loro nemici. L’abbazia di Santa Maria fu costruita intorno al 1045 d.c. dall’ordine dei Benedettini, ci fu poi un susseguirsi di diversi ordini religiosi dai Benedettini ai Cistercensi, ai Lateranensi, questi ultimi ultimarono l’Abbazia fortificandone le mura. Venne attaccata senza successo dall’Impero Ottomano (I turchi), fu poi soppresso da Ferdinando IV di Napoli, e al posto dell’ordine religioso venne istituita una colonia penale.
Durante il periodo Napoleonico un gruppo di soldati al seguito di Murat il cognato di Napoleone Bonaparte, riuscì a resistere agli attacchi dei cannoni di una flotta inglese, ancora oggi sono visibili i buchi lasciati dalle palle di cannone sulla facciata dell’abbazia di San Nicola. Era l’anno 1809. Durante il governo Giolitti nel 1911 , furono esiliati 1300 libici che si ribellarono alla colonizzazione italiana, in un solo anno quasi un terzo morì di tifo.
Durante il fascismo fu esiliato Sandro Pertini che in futuro diventerà il Presidente della Repubblica. Nel 1987 Gheddafi in memoria dei deportati Libici del 1911 pretese la proprietà delle Isole e furono giorni di tensione diplomatica tra Italia e Libia, la notte fra il 7 e 8 di novembre 2 cittadini svizzeri fecero esplodere una bomba sul faro, uno morì e l’altro fu catturato, al principio si pensò ad un attacco per conto dei libici, poi si scoprì che erano due agenti segreti che collaboravano con i servizi segreti francesi, l’Italia in quel periodo aveva una controversia con la Francia.
In fine come curiosità, il giorno 28 di ottobre del 2008, un gruppo di abitanti delle tremiti circa 30 fecero il test del Dna per capire se vi fossero tracce di appartenenza ai deportati Libici, il risultato fu per tutti negativo.